故事延续上一季，女神捕沈君夜升入京城后，跟随神捕司统领李成器，破获多起悬案，最后竟意外得知，李成器是自己的未婚夫婿路小白假扮。两人率领神捕司众人，与邪恶组织千刃斗智斗勇，历经艰险，终于将为祸不浅的千刃

　　本想在市井中做个低调自在少年的陆小白阴差阳错之下惹上了嫉恶如仇的女捕头沈君夜。无奈之下陆小白签下“卖身契”入赘沈府，两人由最初的敌对，到相互了解，相互欣赏，然后联手擒悍匪、破悬案并收获了美好爱情。

　　元末明初高祖皇帝朱元璋初建大明王朝时根基不稳，特发放免死金牌于肱骨大臣，一时间却引起朝野动荡……江南首富沈万三密谋夺权，锦衣卫潜伏沈府调查事件，不料丹书铁券被盗，一场江湖血雨腥风由此展开……锦衣卫

　　北宋年间，公孙策赴赣州拜见恩师周伯颜，却巧遇沈府血案。公孙策在探寻真相中遭遇重重困难，特别是来自恩师父女的阻拦。公孙策在白玉堂的帮助下，终于挖出当年镖船冤案和沈府惨案真相。