故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。绝对不相信有超自然力

　　在遥远的过去，因开采无限能源而招来涅加尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者，为地球创造了神代遗迹及文明延续至今。当地球面临同样的危机时，封存在遗迹中的巨大机器人苏醒，为了寻找在涅加尔袭击中下落不明的姐